SMP Negeri 46 Surabaya merupakan salah satu lembaga pendidikan yang beradadi wilayah strategis dan didirikan pada tahun 2010 dengan prestasi non akademik yang sangat banyak. Awal berdiri SMP Negeri 46 Surabaya dengan Kepalas Sekolah Bambang Soetejo S.Pd. M.Si dan berada satu lokasi dengan SDN Paksi VIII. Sehingga SMP Negeri 46 Surabaya merupakan salah satu sekolah yang mendapat predikat satu lokasi.
Baru pada tahun 2014 secara bertahap SMP Negeri 46 Surabaya menempati gedung baru khususnya untuk siswa kelas VII sedangkan siswa kelas VIII dan IX masih menggunakan gedung lama di JL. Bintang Diponggo Kav. 873 – 874 Surabaya, dengan Kepala Sekolah Dini Hastanti, S.Pd, M.Pd. Disamping itu SMP Negeri 46 Surabaya mulai tahun ajaran 2014 – 2015 juga mengelola dan mendidik siswa berkebutuhan khusus.